活性化合物如何影响RNA进而影响基因表达对于潜在疗法的开发具有重要意义。因斯布鲁克的化学家现在使用他们最近开发的一种方法来研究氨基糖苷新霉素B与所谓的mRNA核糖开关的结合。

在重要的细胞过程中，核糖核酸(RNA)特异性识别某些蛋白质或小有机分子作为结合伙伴。为了了解这些过程并推进针对RNA的潜在疗法的开发，详细了解配体如何与RNA结合非常重要。

然而，RNA与药物复合物研究中的一个挑战是，RNA可以提供多种结合基序，而使用传统方法很难或不可能解析这些基序。因斯布鲁克大学有机化学系的KathrinBreuker领导的研究人员现在使用他们最近开发的一种方法来研究氨基糖苷新霉素B与所谓的mRNA核糖开关的结合。研究结果发表在《美国化学会杂志》上。

同时绑定

在他们的研究中，KathrinBreuker的团队使用了傅里叶变换离子回旋共振(FT-ICR)质谱仪，它允许不同化学计量的RNA复合物在气相中相互分离并单独研究。

“对于核糖开关功能具有最高调节因子的RNA序列，我们鉴定了新霉素B的两种不同的结合基序，并且还能够确定它们的相对群体，”KathrinBreuker回忆道。“通过引入RNA碱基突变，我们能够特异性地改变两个结合基序的群体，从而更好地理解氨基糖苷类与核糖开关的结合。”

由于非突变序列的两个结合基序的群体相同，因斯布鲁克研究人员认为核糖开关功能是由两个新霉素B分子的同时结合控制的。

新的实验方法可以对RNA的结合特异性进行系统研究，并且与现有的结构阐明方法相补充，将为分子水平上的RNA功能提供新的见解。